В FASTPANEL добавить задание в cron можно в разделе "Управление" -> "Планировщик".
В случае использования на сервере панели управления ISPmanager: в меню "Главное" -> "Планировщик".
Если Вам нужно запустить скрипт из консоли, используйте команду:
cd /var/www/USER_NAME/data/www/SITE_NAME/; /usr/bin/php -f cron.php
Где USER_NAME - имя владельца сайта
SITE_NAME - имя сайта
cron.php - имя скрипта, который требуется запустить
Если нужно выполнять скрипт из браузера:
/usr/bin/wget -O /dev/null "http://site.com/cron.php?start=1"
Где site.com - адрес Вашего сайта
cron.php - имя Вашего скрипта
?start=1 - GET параметр start со значением 1 (если скрипту требуется указывать данные параметры)