FastCGI или модуль Apache?

Если PHP работает как модуль для веб-сервера Apache, то он и работает от имени пользователя Apache (www-data).

Если Вы будете загружать файлы через данный скрипт, то владельцем сохраненного файла будет www-data.

Таким образом, Вы не сможете изменять\удалять файл по FTP, т.к. владельцем файла будет другой пользователь.

Кроме того, включение PHP как модуль Apache довольно небезопасно. В случае, если какой-либо сайт будет взломан, злоумышленник сможет заразить файлы на остальных сайтах.

Важно! В современных панелях управления, например FASTPANEL, при работе PHP в режиме модуль Apache используется MPM ITK. Это означает, что для каждого сайта процесс PHP запускается под своим пользователем.

Мы рекомендуем для каждого сайта создавать отдельного пользователя и использовать PHP в режиме FastCGI.

В таком режиме PHP скрипты будут работать от имени владельца сайта. Не будет проблем с безопасностью, а так же проблем с правами.