1) Автоматически
Все счета с баланса оплачиваются автоматически по умолчанию.
На странице "Пополнить баланс" Вы можете снять галочку с тех услуг, которые не желаете оплачивать автоматически с баланса.
Пункт "Автоплатеж с баланса" в карточке Вашего сервера (раздел Мои услуги -> карточка услуги -> вкладка "Оплата").
2) Вручную
Раздел "Оплата" -> "Счета" -> нажмите на нужный номер счета -> кнопка "Изменить" -> метод оплаты "Оплата со счета" -> указать сумму -> кнопка "Зачислить в счет".